Ebeveynlerinin boşanmasıyla birlikte, yedi yaşındaki Koyomi Hidaka babasıyla yaşamaya karar verir. Japon Sanal Bilim Enstitüsü'nde araştırmacı olan Koyomi'nin babası, paralel dünyalar fenomeninin araştırılmasıyla ilgilenmektedir. Babasının işi sayesinde, genç çocuk başka bir boşanmış araştırmacının kızı olan Shiori Satou ile tanışır. Kısa sürede arkadaş olan ikili, çocukluklarının büyük bir bölümünü birlikte geçirir. Yıllar geçtikçe Koyomi ve Shiori birbirlerine daha da yakınlaşır ve gelecekte evlenmeyi planlarlar. Ancak, ebeveynleri birbirleriyle evlenmeye karar verince planları suya düşer. Artık üvey kardeş olmaya mahkum olan iki arkadaş, yeni gerçekliklerini kabul etmeyi reddeder. Ebeveynlerinin araştırmalarını kullanarak, Koyomi ve Shiori paralel bir dünyaya kaçarak birlikte yeni bir hayata başlarlar, ancak bu kararları, uğruna çabaladıkları geleceği tehlikeye atacak sonuçlarla karşılaşmalarına neden olur.