Memleketlerinin yıkılmasından sonra, çocukluk arkadaşları Kafka Hibino ve Mina Ashiro, Japonya'yı “kaijuu” olarak bilinen devasa canavarlardan korumakla görevli askeri bir organizasyon olan Savunma Gücü'nde subay olmak için bir anlaşma yaparlar. On yıllar sonra, 32 yaşındaki Kafka kahramanlık hayallerinden neredeyse tamamen vazgeçmiştir. Bunun yerine, cesur askerler tarafından yenilgiye uğratılan kaijuu'ların kalıntılarını temizlemektedir. Bu askerler arasında, ortak hedeflerine başarıyla ulaşan Mina da bulunmaktadır. Yeni iş arkadaşı Reno Ichikawa ile tanıştığında, Kafka geçmişteki halinin bir yansımasıyla karşı karşıya kalır: Tek arzusu Savunma Gücü'nün bir üyesi olarak savaşmak olan hırslı bir genç adam. Ne yazık ki, ikisi kısa süre sonra haydut bir kaijuu ile tuhaf bir karşılaşmaya girer. Kafka doğuştan gelen kahramanlık özelliğini göstererek Reno'yu kesin ölümden kurtarır, ancak kendisi ağır yaralanır. İki adam hastanede iyileşirken, Kafka başka bir canavarın saldırısına uğrar gibi görünür. Sonuç olarak, Japonya'yı tehdit eden devasa canavarların gücü ve yeteneklerine sahip, insansı bir kaijuu'ya dönüşme yeteneği kazanır. Ordu tarafından “Kaijuu No. 8” olarak adlandırılan Kafka, yeni kazandığı yeteneklerini daha büyük bir iyilik için kullanmaya karar verir. Karşılıklı saygı ile birbirlerine bağlanan Kafka ve Reno, Savunma Gücü'nün ön saflarında Mina gibi savaşçılara katılmak için yola çıkarlar.