Savaşın üçüncü yılında, Mahito Maki hastanede meydana gelen trajik bir yangında annesini kaybeder. Kısa bir süre sonra, babası Mahito'nun annesinin küçük kız kardeşi Natsuko ile evlenir. Mahito'yu Tokyo'dan uzaklaştırarak, rahmetli annesinin kırsal kesimdeki aile evine sığınırlar. Orada Mahito, kendisine ilgi duymuş gibi görünen garip bir gri balıkçıl tarafından sürekli alay edilir. Kaybını kabullenemeyen ve yabancı bir yerde yeni bir hayata alışmaya çalışan çocuk, Natsuko'nun hamile olduğunu öğrenince şok olur. İşleri daha da kötüleştiren ise, sinir bozucu balıkçılın konuşabilmesi ve Mahito'nun annesinin hala hayatta olduğunu iddia etmesidir. Mahito'yu evin yakınındaki gizemli bir kuleye çeken balıkçıl, Mahito'nun onu ölümden kurtarabileceğini söyler, ancak çocuk kolayca ikna olmaz. Ancak bir gün Natsuko ortadan kaybolduğunda, Mahito onun kuleye girdiğini görür ve onu kurtarmak için içeri girmeye mecbur kalır. Kısa süre sonra, yaşam ve ölümün iç içe geçtiği, kendi dünyasının altındaki başka bir dünyaya düştüğünü fark eder. Natsuko'yu bulmak için bu yabancı alemde yol alırken, Mahito eve güvenli bir şekilde dönmek istiyorsa yaşamın anlamını anlamak zorundadır.