İkinci Darbe olarak bilinen felaket olayından on beş yıl sonra, dünya yeni bir tehditle karşı karşıya kalır: Melekler olarak adlandırılan devasa gök varlıkları Tokyo-3'ü tek tek istila eder. İnsanlık, en gelişmiş mühimmat ve askeri taktikleri kullanmasına rağmen Meleklere karşı kendini savunamaz. İnsanlığın kurtuluşunun tek umudu, soğuk kanlı Gendou Ikari'nin liderliğindeki gizemli bir organizasyon olan NERV'in elindedir. NERV, “Evangelion” adı verilen devasa insansı robotları, Angels ile savaşmak için en son teknolojiye sahip silahlar ve Absolute Terror Fields olarak bilinen koruyucu bariyerler ile kullanıyor. Babası tarafından terk edildikten yıllar sonra, Gendou'nun 14 yaşındaki oğlu Shinji Ikari, Tokyo-3'e geri döner. Shinji, annesinin kaybının ve babasının duygusal ihmalinin neden olduğu derin travma ile sürekli bir iç savaş içindedir. Başkalarına açılmaktan korkan Shinji'nin hayatı, ona hiç yaşamadığı özgür ruhlu anne şefkati gösteren 29 yaşındaki Misato Katsuragi ile tanışmasıyla sonsuza dek değişir. Yıkıcı bir Melek saldırısı Shinji'yi harekete geçirir ve Gendou, oğlunu Tokyo-3'e geri davet etmesinin gerçek nedenini açıklar: Shinji, biyometrik verileriyle senkronize olan yeni bir robot olan Evangelion Unit-01'i verimli bir şekilde pilotlayabilecek tek çocuktur. Evangelion'u pilotlamanın getirdiği acımasız psikolojik travmaya rağmen, Shinji, babasının karanlık entrikalarından habersiz, Tokyo-3'ü meleklerin tehdidine karşı savunur.