Dördüncü Büyük Ninja Savaşı'nın sona ermesinden bu yana iki yıl geçti. Konohagakure barış ve uyum içinde kaldı — ta ki Altıncı Hokage Kakashi Hatake, ayın Dünya'ya tehlikeli bir şekilde yaklaştığını ve gezegenin yok olma tehlikesi yarattığını fark edene kadar. Bu ciddi sıkıntının ortasında, Konoha yeni bir kötülük olan Toneri Oosutuski tarafından istila edilir ve Toneri, Hinata Hyuuga'nın küçük kız kardeşi Hanabi'yi aniden kaçırır. Kakashi, Hanabi'yi Toneri'nin şeytani pençelerinden kurtarmak için Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai ve Hinata'dan oluşan yetenekli bir ninja ekibi gönderir. Ancak görevleri sırasında ekip, çabalarını boşa çıkaran birçok engelle karşılaşır. Hanabi'nin kaçırılmasıyla ekip üyeleri arasındaki ilişkiler sınanır ve dünya yok olmanın eşiğine gelirken, gezegenin güvenliğini sağlamak için zamana karşı yarışmak zorunda kalırlar. Bu arada, savaş devam ederken Naruto, hayal bile edemeyeceği kadar büyük bir şey için savaşmaya zorlanır: aşk.